尽管徐有贞一生荣辱沉浮、功过掺杂，然他在山东治黄成功，在中国治水史上占有一席之地[14]。景泰七年（1456年），山东大水，“河堤多坏，惟有贞所筑如故”。张秋地区有歌谣唱道：“昔也，沙弯如地之狱；今也，沙弯如天之堂。”后徐有贞又奉命巡视漕河济宁等十三州县，督促修复河堤，因治河有功，进为左副都御史。
明景帝选中石亨为代祭大臣后，将他召到病榻前，亲自殷殷嘱咐。石亨当面满口允诺，但他亲眼看见明景帝的恹恹病态，知道天不假年，皇帝挺不了多久，内心开始打起了自己的小算盘。
石亨出宫后，立即返回家中，请神算仝寅占卜储君之事。仝寅称明英宗必将复位。石亨立即派心腹找来与自己交好的前府右都督张軏和大宦官曹吉祥，告诉二人说明景帝已经不行了，得商议个法子，好为自己谋取后路。
此时，京师正有流言，称大学士王文正力劝明景帝立襄王朱瞻墡的长子为皇储，如果是这样，王文将是定鼎之臣，立有首功。即便重新立沂王朱见深为太子，谋议也是文臣之事，功劳也轮不到石亨、张軏等武将身上。石亨道：“皇帝病已沉重，如有不测，又无太子，不若乘势请太上皇复位，倒是不世之功。”
张軏、曹吉祥也表示赞同。于是，这三个野心勃勃的投机分子，决定将赌注压在太上皇身上，拥立朱祁镇复位，这样，三人就是大功臣，能够飞黄腾达。
三人当场做了分工，大宦官曹吉祥利用职务之便，入宫拜见孙太后，密告复辟一事，以取得孙太后的支持。石亨和张軏自认智谋有限，一道去找太常寺正卿许彬商议。
许彬曾代表明廷迎太上皇于宣府，其人心机极为深远。听说石、张二人来意后，当即以手加额，道：“这是不世之功！不过，我老了，不中用了。徐有贞多计谋，你们可以去找他商议。”
石亨和张軏相信许彬的推荐，又连夜去找徐有贞。徐有贞大为兴奋，当即夜观天象，见紫微有变，忙道：“帝星已见移位，咱们要干这件事，须得赶快下手。”
几人经过详细谋划，决定在正月十六晚上动手。
正月十六白天，吏部尚书王直、礼部尚书胡濙、兵部尚书于谦会同群臣商议，决定一起上奏请复立沂王朱见深为太子。众人推举内阁大学士商辂主草奏疏。疏成时，已是日暮西山，来不及奏上朝廷。于是，群臣决定在次日清晨明景帝临朝时，再将奏疏递上去。
但所有人都没有料到，就在这天晚上，爆发了夺门之变。随之而来的便是诸多大臣被杀被贬，这其中也包括国之重臣于谦。倘若复立沂王的奏疏早一天递上，或许于谦等人就不会遭到杀身之祸。短短几个时辰，不但改变了大明的历史，也改变了许多人的一生。
正月十六晚，徐有贞换上朝服，怀着紧张而忐忑的心情离开了家。临行前对妻女交代道：“我要去办一件大事，办成了是国家之福，办不成我徐家就是灭顶之灾。你们要有心理准备。”
出门后，徐有贞又顺路邀请了杨善和王骥作为同党。杨善和王骥二人都表示要以死报答太上皇。王骥当时已经七十多岁，不但自己亲自披甲上马，还将儿子和孙子都带在了身边。三方人马会齐石亨叔侄、曹吉祥叔侄后，又等到了张軏率领的大队京营兵，这才一齐向皇城进发。
张軏调兵进城的借口是瓦剌骚扰边境，要保护京城安全。而石亨是最高武官，掌管皇城钥匙，所以能够通行无阻。
四鼓时分，大队人马从长安门直接进入皇城。进入紫禁城后，徐有贞重新将大门锁上，防止外面有援兵进来，并将钥匙投入水窦中。皇城内的守军见这伙人行踪诡秘怪异，不明所以，但由于领头的石亨、曹吉祥等人俱是本朝显贵，也不敢上前盘问究竟。
这时候，天气忽变，乌云密布，伸手不见五指。众人怀疑此番作为有逆天意，会遭到天谴，都非常惶恐。精通天象的徐有贞挺身而出，劝大家不要退缩，说大事必济。众人料想事已至此，后退也来不及了，于是继续前进，顺利到达南宫。
王骥本是南宫守备，不费吹灰之力，便斥退守卫。然而，南宫宫门早已被明景帝锁闭封死，且大锁坚固异常，怎么弄也打不开。石亨既是武将，便将军事中攻城之术派上用场，命人用巨木悬于绳上，数十人一齐举木撞门。宫门没有撞开，门右边的墙反倒先被震坍了一个大洞。众人便从墙的破洞中一拥而入。
太上皇朱祁镇还没有就寝，正秉烛读书，突然看见一大堆人闯了进来，还以为是弟弟明景帝派人来杀自己，不禁有些惊慌失措。谁料众人一齐俯伏称万岁。朱祁镇心神略定，这才问道：“莫非你们要请我复位吗？这事须要审慎。”
此时乌云突然散尽，月明星稀。众人士气空前高涨，簇拥着朱祁镇直奔大内。路上，朱祁镇挨个儿问清诸人姓名，表示不忘功臣之意。
一行人来到东华门，守门卫士上前拦住盘问。朱祁镇主动站了出来，表明自己太上皇的身份。卫士顿时傻了眼，不知该如何是好，更不敢强行阻拦。
于是，众人兵不血刃地进入了皇宫，朝专门举行朝会的奉天门而去，并迅速将明英宗朱祁镇扶上了奉天殿宝座。殿上武士见变故忽起，挥舞金瓜，要打徐有贞等人，被朱祁镇厉声呵止。他到底做过十几年皇帝，威仪俱在，一声令下，武士便闻声退开。徐有贞等人一起叩拜，高呼“万岁”。石亨亲自敲响朝会钟鼓，召集群臣到来。
彼时天色已然微微发亮，众臣因为明景帝事先说明今天要临朝，都已经早早等在午门外，准备朝见。听到钟鼓齐鸣后，众人按顺序走入奉天门。但眼前的一切令人目瞪口呆，宝座上的皇帝已经不是明景帝朱祁钰，而是八年前的英宗皇帝朱祁镇。
群臣面面相觑，一时不明白是怎么回事。正在众人犹豫之际，徐有贞站出来大喊道：“太上皇复位了！”
明英宗朱祁镇便对百官宣布道：“景泰皇帝病重，群臣迎朕复位，你们各人仍担任原来的官职。”
众朝臣见事已至此，只好跪倒参拜。明英宗朱祁镇就这样又重新取得了皇位，这就是历史上著名的“夺门之变”，又称“南宫复辟”。
明英宗朱祁镇重新坐上皇位时，明景帝朱祁钰已勉强起身，正在乾清宫西暖阁梳洗，准备临朝。突然听到前面撞钟擂鼓，立即问左右道：“莫非是于谦不成？”意思是，是不是兵部尚书于谦谋反篡位了。明景帝猜忌于谦之心已久，在这场可悲的政变中展露无遗。
左右惊愕万分，不知道该如何回答。
明景帝的发问确实出人意料。于谦于社稷立有不世之功。尤其在辅佐明景帝登位、迅速安定局面上，于氏所起到的作用无人能及。可以说，没有于谦，明景帝的皇位不可能坐得安稳。而之后，明景帝也对于谦表现出异乎寻常的信任。虽然皇帝一直没有让于谦进内阁，但恩宠有加，无出其右。谁也想不到，原来在明景帝的内心深处，竟然如此提防他表面所信重之人。帝王的薄情寡恩，亦由此可见一斑。
片刻后，大宦官兴安回奏是太上皇复位。明景帝连声道：“好，好，好。”然后喘了几口气，重新回到床上，面朝墙壁睡下。
表面镇定无事，心中却是唏嘘感叹，有着常人难以想象的失望之情。他已经清醒地意识到，一切都已经完了，他所加在兄长身上的一切毒辣手段，都要被加倍回返到自己身上。
在中国历史上，报复和仇恨往往是新政体的主要动机。悲痛总是无法完全忘却，伤害总是不可弥补，明英宗朱祁镇重新登上皇位后，清算旧账便成为与巩固政权头等重要的大事。
“夺门之变”成功后，明英宗先在奉天殿登位，随即到文华殿，命徐有贞以本官兼翰林院学士入直内阁参预机务。不久，明英宗再登奉天殿，行即位典礼，此时刚好是正月十七日正午。
仪式完毕后，殿上传下圣旨，兵部尚书于谦、内阁大学士王文当庭被锦衣卫逮捕。内阁大学士陈循、萧镃、商辂，刑部尚书俞士悦，工部尚书江渊，都督范广，以及景帝亲信宦官王诚、舒良、王勤、张永等人都相继被逮捕下狱。特别值得一提的是，宦官兴安为景帝亲信，独幸免于难。据说主要是孙太后为他讲话，有功于社稷，加上兴安好佛，不贪财，更是难得。
于谦和王文被逮捕后，关在锦衣卫镇抚司，由新上任的锦衣卫长官门达审理。早在英宗一朝，门达便已经坐到了锦衣卫指挥同知的高位，曾扈从明英宗出征，“土木堡之变”后单骑逃回京师，被降为千户。其人后依附石亨，在锦衣卫长官卢忠罢职后再度升任指挥同知。明英宗即位后，听从石亨建议，罢免了明景帝亲信锦衣卫指挥毕旺及朱骥，改由门达担任锦衣卫长官。
门达性格机警沉鸷，名声却不坏。他手下有小吏名谢通，精通刑律，一直协助门达处理司事。谢通主张用法仁恕，平反了不少冤案，以致朝廷上上下下都夸奖门达能干。正因为如此，门达特别信任谢通，对其言听计从。
谢通料想于谦这次在劫难逃，明英宗一定会要他的命，但于少保不是普通人，如果死在锦衣卫镇抚司手中，门达身为长官，势必被天下人怨恨。于是，他出了个主意，以案情重大为名，将案子推了出去，交给三法司会审。门达虽然也想奉迎重新登位的明英宗，但仍然害怕在历史上留下骂名，于是听从了谢通的建议。
三法司会审应该由刑部主审，但刑部尚书俞士悦一向与于谦交好，且已被逮捕下狱，案子辗转到了都察院都御史萧维祯手中。法司给于谦、王文二人定的罪名是“意欲”迎立外藩——欲立襄王朱瞻墡长子为帝——意图谋逆。虽无实迹，其意则有，同样可定罪，于谦、王文因此备受酷刑。
于谦冷静而从容，似乎早预料到一切。王文则不胜其愤，极力辩解道：“按照祖宗成法，迎立外藩必须有内府的金牌和符信；派遣使者，必须用兵部发的马牌。这些事只要到内府兵部一查便可明白，岂能平白无故地诬陷？”
兵部主管马牌的是车驾司主事沈敬。沈敬却是个硬汉子，不肯作伪证，当场指出兵部从未发出马牌。而内府所存召取襄王的金牌符信早就被孙太后拿去，一直在后宫中。大家心中有数，如果真的查验，反而应验了王文的话。
王文见占了上风，更加据理力争。堂上堂下吵得不可开交时，于谦却笑道：“石亨等罗织锻炼，辩之何益？”
萧维祯看见于谦是个明白人，终于忍不住说了实话：“于公可谓明白，事出朝廷，承也是死，不承也是死。”
因为没有任何证据，三法司只好加上“意欲”二字，给于谦和王文定的罪名为“意欲迎立藩王”，“坐以谋逆，处极刑”。所谓“极刑”，便是千刀万剐之刑，按例要割三千三百五十七刀。沈敬被无辜牵扯进来，也跟着倒霉，被认为是于谦和王文的同谋，不过罪减一等，免死罪，充军铁岭。
当案子的审理结果递到明英宗朱祁镇手中时，皇帝见给于谦的定刑是一个“死”字，不禁犹豫起来，迟疑着道：“于谦实有功。”
在朱祁镇的心中，对于谦的恨意极重，于谦主张“社稷为重，君为轻”，对他个人造成了深深的伤害。在当俘虏的北狩期间，他甚至有必杀于谦而后快的念头。但如今的朱祁镇，已经不是八年前的那个年轻皇帝了。经历了一系列的苦难后，他逐渐明白，倘若当初不是于谦坚决抵抗瓦剌并取得了一系列的胜利，非但他本人永远回不到京师，就连大明朝廷恐怕也早是风雨飘摇。所以，这一句“于谦实有功”很好地表达了他内心深处对于谦态度的转变。
徐有贞见明英宗迟疑，马上攘臂直前，大声道：“若不杀于谦等，夺门之变则无名，无以昭告天下。”
于是，明英宗下定决心，诏令将于谦和王文弃市，即公开斩首示众。这已经是一些正直大臣极力营救的结果，其中新入阁的阁臣薛瑄更是据理力争。按三法司的定罪，于谦应该被凌迟处死，改为弃市，已经是罪减一等。
正月二十二日，于谦、王文同日被杀。临刑前，于谦口占《辞世诗》[15]云：村庄居士老多磨，成就人间好事多。
天顺已颁新日月，人臣应谢旧山河。
心同吕望扶周室，功迈张良散楚歌。
顾我今朝归去也，白云堆里笑呵呵。
诗中无一冤字，只历数一生行状，旷达潇洒，笑对生死祸福，表达了以江山社稷为重的磊落胸怀，令人深为震撼。
此时的于谦，豪情与悲凉在心中反复交织回荡。自明景帝私心日益显露以来，他便感觉一只无形却密不透风的大网缠绕住了他，且愈匝愈紧。人们赞许他扭转了大明的命运，他却连自己的命运都操纵不了。
他又想起早已死去数年的前御史钟同来。他这几年的人生，有许多苍白无力之处，没能拯救许多他在意的人。而死去的人一直在他意识深处纠缠着他，他想要逃避，却始终避不开。他早已萌生退意，想要摆脱世俗杂务，辞官归返故乡，隐居于江南的青山绿水中。然到了他的地位，又怎能轻易摒弃一切，一走了之？
当日他到锦衣卫大狱与逆贼首领郭信会面。郭信称他功劳太大，功高震主，将来必会被皇帝所杀。他问郭信为什么要说这些废话。郭信道：“这可不是废话。于公你是大明栋梁，全靠你支撑大局。我虽大事不成，却也要设法剪除大明羽翼，令它气数早尽。我请见于公，只是为了害你，别无其他。”
他很是不解，问道：“你刑具缠身，动一下都难，要如何害我？”
郭信笑道：“用皇帝的疑心害你。疑心是把刀子，也能杀人。”又进一步解释道：“因为我是逆贼，图谋改朝篡位。于公独自来见我，却不能将我一番话传出去。日后皇帝询问于公，你只能不答。但我既指名见于公，怎么会什么话都不说呢？如此，皇帝必然猜疑你。疑心这东西，一旦发芽出来，便会一直滋生下去。”
当时他以为郭信只是无稽之谈。明景帝倒是真问了郭信说了什么，他当然不能如实上奏，只好回答说对方什么都没说。后来人们纷传明景帝不让他带职入阁为大学士，已有猜忌他之心，他也未放在心上。但当他听说英宗皇帝复辟后，景帝第一句话竟是“莫非是于谦不成”，陡然又想到郭信当年在牢房中的那番话来。原来在皇帝心目中，疑忌已如此之深，竟将他当作了郭信一类的逆贼。他忠君爱国，殚精竭虑，仅此一句“莫非是于谦不成”，便成为他人生中最大的打击。
正郁郁满怀时，忽听到一声炮响，有人高叫道：“时辰到！”
于谦自知大限已到，遂慨然赴死，正色就刑，时年六十岁。
人们看不到英雄心底深处的悲怆与纠结，只看到他走向刑场的镇定。当他矗立的身影倒下时，大地深沉，阴霾翳天，京郊妇孺，无不洒泣。
岳飞的罪名是“莫须有”，被人称为三字狱。而于谦的罪名是“意欲”，时人称为二字狱。千古英雄共一心，却有着相同的悲剧命运。
自土木堡之变后，于谦独力支持危局，名满天下，成为全国所敬仰的民族英雄，朝野上下都享有极高的声誉，所以听闻他被杀的消息后，“行路嗟叹，天下冤之”。都人见者闻者，老幼无不垂泪。有举家号哭者，有合门私祭者，有暗地披麻戴孝者。边关军士闻之，莫不涕泣。
大宦官曹吉祥麾下有一指挥朵耳，一向很感激于谦。土木堡之变以后，北京军民对于城内的少数蒙古人很不放心，有人主张全部杀掉，有人主张收监，以防止他们作乱，与瓦剌军里应外合。于谦却力排众议，不同意这么做，还下令道：北京城里的蒙古人只要安分守己，一律保护；愿意从军立功的，与汉人同样受奖；敢于通敌内应的，杀无赦。北京城内的蒙古人都很感激于谦的深明大义。朵耳听说于谦被杀后，提着酒浆纸钱到刑场恸哭祭奠。曹吉祥得知后大怒，命人鞭打朵耳，以儆效尤。然而到了第二天，朵耳照旧前去哭祭。
有个姓裴的太监为于谦的莫名被杀而愤愤不平，秘密将于谦的孙子于广救出，抛弃到手的荣华富贵，只带着于广，逃往河南，隐居起来。
北京城内还出现了怀念于谦的童谣：“京都老米贵，那里得饭广；鹭鸶水上走，何处觅鱼嗛。”“饭广”即指与于谦一同遇害的副总兵范广，是于谦爱将。“鱼嗛”则是指于谦。就连孙太后听说于谦被杀后，也嗟悼累日，“英宗亦悔之”。
于谦遇害，家属亦受到牵连：长子于冕充军山西龙门；于冕妻张氏发配山海关；义子于康、女婿朱骥发配辽东。所幸由于某些大臣力救，儿媳蒯玉珠及女儿于璚英没有按惯例配入军中为奴，否则所受凌辱难以想象。
当锦衣卫来抄家时，在于谦家中没有发现任何值钱的东西。只有正屋一间，大门紧闭，上面一把大锁牢牢锁着。锦衣卫大喜过望，急忙撞门进去。里面装的都是皇帝御赐物件，蟒袍、剑器、圣旨等，一件一件地摆着，并没有金钱宝物之类。见此情形，就连负责查抄的官吏也涕然泪下。
事情还不止于此，锦衣卫千户白琦上书请公告于谦之罪，“榜谦罪，镂板示天下”，“一时希旨取宠者，率以谦为口实”。倒是早先因赌博将朱家家产败光的朱骥舅舅杜平挺身而出，怒骂朝廷薄情寡义，杀害社稷功臣，还要令其身败名裂。明英宗心中多少有愧疚之意，下诏令勿要再论及于谦一案，这才阻止了这股虚浮的戾气。
在于谦一案中，锦衣卫千户白琦是关键证人，且在其后还有处处针对于谦、朱骥之举。他是带引朱骥入行的师傅，朱骥一直对他极为尊重，却想不到他在关键时刻从背后捅了人一刀，朱骥难免心中大惑不解。
这一日，朱骥将要被递解出京，远赴辽东戍边。出锦衣卫大狱时，正好遇到白琦，忍不住停下来，多问了一句：“我一直尊白大叔为师傅，为什么你要这么做？”
白琦道：“你想知道吗？”朱骥道：“如果是不相干的人，如何栽赃诬陷，倒也无所谓了。可白大叔你……”露出极为失望的神情来。
白琦挥手命校尉退开，上前一步，压低声音道：“实话告诉你，我倒也不是想讨好皇帝，可我杀了人，你是最有可能揭开真相的人，只有除掉你，我才能永保无事。”
朱骥大为惊讶，问道：“你杀了人？”微一凝思，便回味过来：“啊，是狱卒韩函和仵作伍汉。”
白琦道：“不错，是我杀了韩函。那日本是你在官署当值，偏偏你因私事外出，将钥匙和令牌交给了我。又偏偏那身份特殊的老僧杨行祥在这期间死去。狱卒韩函将实情告诉了我，他私放外人入狱，自是死罪，我作为当值官员，也要受到牵连。”
于是，白琦让韩函收买仵作伍汉，令他以自杀上报。事后，韩函因为太过害怕，再找白琦商议。白琦烦不胜烦，为绝后患，遂将对方诱出城外杀死，掩埋了尸体。
事情本就此了结，然后来风波再起，朱骥又被迫重新调查杨行祥一案。他在锦衣卫官署打听韩函住址时，正好被白琦听到。白氏立即起了警惕之心，料想朱骥对杨行祥案起了疑心，大概要重新调查，于是立即赶去仵作伍汉家中，将其杀死灭口。
之前仵作伍汉被买通以自杀上报，只有韩函出面，伍汉不知白琦也牵涉了进来。而一旦朱骥了解到杨行祥不是上吊自杀、而是他杀，仍能辗转查到白琦身上，所以伍汉也必须死。
不想伍汉没有立时毙命，想留下线索，试图写下白琦的名字，可惜只写了两笔便断了气。后来杨埙到场，留意到地上的笔划，认为是个“朱”字，因此而疑心是英宗皇帝要杀杨行祥，却绝未想到是个“白”字。
再后来郭信案发，朱骥一度以为是郭信杀了韩函、伍汉二人，却被郭氏当面否认，韩、伍之死由此成为无头悬案，想不到竟在今日由白琦亲口应承。
白琦又道：“塞外苦寒，寒风似刀。你这一去，怕是再也没命回来，所以我告诉你实话，让你死也死得安心。”
朱骥明白了究竟，心中有一股说不出的苦涩滋味，嘴唇动了两下，还待再说几句告别之语，白琦却挥手命校尉将他押走。他手足戴了重铐，无力反抗，被押送人员推着走了几步。勉力回过头来时，昔日谆谆教诲的师傅变得完全陌生起来，只看到了一张狞笑着的阴冷的脸。
翰林学士丘濬冒着巨大风险，赶来为朱骥、于康送别。又慨叹世事变幻无常，作《梁父吟》道：浩歌梁父吟，视古犹视今。
世态屡翻覆，人心益崎崯。
争名竞利日无已，龙蛇走陆波涛起。
设谋无虑千万桃，杀人岂但二三子。
来今往古何憧憧，宵人心态今古同。
君不见，张道济嗾赵彦昭；
又不见，李文饶拔白敏中。
实当不祥公窃位，不畏天命悲人穷。
梁父吟，用意深，卧龙久已矣，谪仙亦消沉。
以我今日见，寄之前古音。
至于于谦后事——于谦被杀后，京营指挥同知陈逵感念其忠义，冒险收藏了其遗骸。天顺三年（1459年），于谦女婿朱骥因前下属逯杲营救，被赦免还乡。他设法取到岳父骸骨，将灵柩运回于谦故乡杭州，葬于西湖三台山麓，后人称为“于少保墓”。每年红男绿女，至墓前拜祷，络绎不绝，相传祈梦甚灵。从此，于谦与岳飞并卧于风光秀丽的西子湖畔，为西湖生色不少。清代文人袁枚有诗道：江山也要伟人扶，
神化丹青即画图。
赖有岳于双少保，
人间始觉重西湖。
南明抗清名将张煌言也有诗云：“日月双悬于氏墓，乾坤半壁岳家祠。”
于谦与岳飞都是中国历史上著名的抵御外侮、力挽狂澜的民族英雄。岳飞“出师未捷身先死，长使英雄泪满襟”，到死抗金大业未竟，以致死不瞑目。而于谦受命于危难之间，备受明景帝信任，一战惊天下，从根本上改变了明朝与瓦剌强弱对峙的局面。相比于岳飞，于谦可谓已经建功立业。完全不同的经历，却有着相同的结局——两位相隔三百年的英雄人物，最后都是被诬陷而冤死，不由得令人扼腕叹息。
成化二年（1466年）八月，于谦之子于冕遇赦回乡后，上疏为父讼冤。明宪宗朱见深邃下诏为于谦昭雪，将裱褙胡同于谦故宅改为“忠节祠”，祠中塑有于谦像，由朝廷按时派官吏祭奠英魂。故宅的西侧建有奎光楼，上悬“热血千秋”木匾。左右对联曰：“帝念有功群小谗谋冤太惨，公真不朽故居歆记地犹灵。”
弘治二年（1489年），明廷又赠于谦光禄大夫、柱国、太傅，谥肃愍，赐祠于其墓曰“旌功”。